В древности, когда мир только начинал обретать свои очертания, Аркеус, сотворивший все сущее, вступил в схватку с силами хаоса. Легенда гласит, что он даровал людям и покемонам частицу своей силы — Пластины, позволяющие управлять стихиями. Но один из людей, ослепленный жаждой власти, попытался украсть их, чтобы стать равным богу. Разгневанный предательством, Аркеус наказал человечество, разорвав связь между мирами и оставив лишь запечатанный храм, где покоятся его Пластины. Спустя тысячелетия, в эпоху современных тренеров, Эш Кетчум и Пикачу вместе с друзьями случайно натыкаются на этот храм. Внутри они находят загадочного юношу по имени Шейн, который утверждает, что является потомком древнего рода хранителей. Он пытается восстановить Пластины, чтобы умиротворить пробуждающегося Аркеуса, но не знает, что за ним следит тайная организация, желающая использовать силу бога для перекраивания реальности.
Когда Аркеус наконец пробуждается, его гнев не знает границ. Он видит в людях лишь тех, кто предал его в прошлом, и решает стереть человечество с лица земли. Эш и его команда оказываются втянуты в битву, где каждый их шаг может изменить ход истории. Шейн раскрывает правду: Пластины не просто артефакты, они хранят память о договоре между людьми и покемонами, который был нарушен из-за лжи древнего короля. Чтобы остановить Аркеуса, героям приходится отправиться в путешествие по разным эпохам, собирая осколки истины. В финальной схватке, когда кажется, что мир обречен, Эш делает невозможное — он предлагает Аркеусу не битву, а диалог, доказывая, что не все люди одинаковы. Покемон-бог, видя жертвенность и чистоту намерений мальчика, смягчается и восстанавливает равновесие, но ценой этого становится исчезновение Шейна, который остается в прошлом, чтобы исправить ошибки предков.