Прошло три года с тех пор, как мир был спасен от Владыки Тьмы, и Дайсукэ Мотомия, Миюко Иноуэ, Такеру Такаиши и Хикари Ягами успели привыкнуть к спокойной жизни. Они уже не просто Избранные Дети, а старшеклассники, у которых появились свои заботы, мечты и планы на будущее. Но однажды привычная реальность дает трещину: по всему Токио начинают происходить странные происшествия, связанные с искажением времени и пространства. Люди застывают на месте, часы сбиваются, а в небе появляются призрачные ворота в Цифровой мир. Вскоре выясняется, что причиной хаоса стал загадочный Дигимон, который называет себя «Изначальным». Он не желает разрушать мир, но настойчиво требует встречи с каждым из четверых героев по отдельности, обещая раскрыть тайну, которая перевернет всё их понимание собственного предназначения.
Встретившись с Изначальным лицом к лицу, Дайсуке и его друзья узнают шокирующую правду: их приключения в Цифровом мире были не случайностью, а частью глобального эксперимента, запущенного задолго до их рождения. Изначальный утверждает, что сила Избранных Детей имеет обратную сторону — каждое их сражение и каждое чудо постепенно стирают грань между двумя мирами, и теперь этот процесс вышел из-под контроля. Чтобы предотвратить полное слияние реальностей и гибель обоих миров, героям придется принять невозможное решение: отказаться от своих Дигимонов-партнеров навсегда. Но Веймон, Хоукмон, Патамон и Тейлмон не собираются сдаваться без боя. Вместе с детьми они отправляются в самое сердце Цифрового мира, туда, где время течет вспять, чтобы найти способ переписать саму основу их связи. Финальная битва будет не против чудовищ, а против неизбежности судьбы, и каждому из героев предстоит сделать выбор, который определит, останутся ли они детьми, верящими в чудеса, или повзрослеют, приняв потерю самого дорогого.
