Третий сезон начинается там, где закончился второй: Сатору наконец осознает, что его странные отношения с Юки и Аой зашли слишком далеко. Он больше не может притворяться, что случайные встречи в школьном коридоре и неловкие взгляды в столовой — это просто совпадения. Юки, та самая тихоня с вечно опущенной головой, вдруг перестает стесняться. Она начинает преследовать его с пугающей методичностью: подкладывает записки в шкафчик, ждет у выхода из школы, а однажды просто садится к нему за парту и молча смотрит, пока у Сатору не начинают дрожать руки. Аой же, наоборот, замыкается в себе. Она перестает смеяться, перестает подкалывать его, и в ее взгляде появляется что-то тяжелое, почти взрослое. Сатору чувствует, что теряет контроль над ситуацией, но именно в этот момент в их класс приходит новенькая — Рина, девушка с ледяными глазами и привычкой фотографировать все подряд. Она сразу же проявляет интерес к Сатору, но не как к объекту симпатии, а как к цели. Рина начинает задавать вопросы, от которых у Сатору холодеет спина: она знает про его ночные прогулки, про то, что он делал в заброшенном парке, и, кажется, даже про то, о чем он боится думать сам.
Параллельно с этим Сатору замечает, что его собственное тело начинает вести себя странно. Он просыпается в незнакомых местах, находит в карманах чужие вещи, а однажды видит на своей руке царапины, которых не помнит. Юки, которая раньше была лишь назойливой тенью, теперь превращается в нечто большее: она словно знает его расписание лучше него самого, предугадывает его действия и появляется именно в те моменты, когда Сатору больше всего хочет побыть один. Аой, наконец, решается на отчаянный шаг — она приглашает Сатору в то самое место, где все началось, в старую обсерваторию на холме. Там она признается, что видела его с Риной, и что Рина — не просто новенькая. Аой рассказывает, что Рина — младшая сестра парня, который пропал год назад, и что последний раз его видели как раз рядом с Сатору. Сатору ничего не помнит, но в его голове начинают всплывать обрывки воспоминаний: темная комната, чей-то крик, белые трусы на мокром полу. Он понимает, что третий сезон — это не про отношения и не про школьные драмы. Это про то, как далеко можно зайти, если перестать задавать вопросы, и что происходит, когда прошлое решает напомнить о себе самым грязным способом. Финал сезона обрывается на сцене, где Сатору стоит перед дверью своей квартиры, а за ней слышен женский смех — и это не голос Юки, не голос Аой и не голос Рины.
