Второй сезон начинается с того, что выжившие после катастрофы пытаются найти хоть какой-то порядок в руинах. Главный герой, который в финале первого сезона принял на себя бремя силы, теперь сталкивается с последствиями своего выбора. Пробуждение древнего существа, спавшего под толщей океана, меняет правила игры. Оно не просто уничтожает города — оно искажает реальность, заставляя прошлое и будущее переплетаться. Герои обнаруживают, что их воспоминания больше не принадлежат им: некоторые события исчезают, другие появляются из ниоткуда. В этом хаосе проявляются новые фракции — те, кто хочет подчиниться новой силе, и те, кто отчаянно ищет способ сбросить её влияние. В центре оказывается загадочная девушка, которая помнит то, чего не помнит никто другой, и её связь с главным героем становится ключом к разгадке истинной природы конца света.
Параллельно раскрывается тайна первого сезона: оказывается, что катастрофа была не случайностью, а результатом эксперимента, проведённого цивилизацией, существовавшей до людей. Герои отправляются в путешествие к месту, где время течёт иначе — в зону отчуждения, где законы физики перестают работать. Там они сталкиваются с тенями прошлого, которые обретают плоть, и с теми, кто уже однажды пережил конец света. Главный герой вынужден сделать невозможный выбор: пожертвовать своей человечностью, чтобы спасти мир, или позволить циклу разрушения повториться. Финальные серии подводят к мысли, что конец света — это не точка, а бесконечная спираль, и каждый новый виток стирает память о предыдущем. Второй сезон заканчивается клиффхэнгером: герои стоят на пороге нового мира, который оказывается лишь копией старого, а часы на башне начинают идти в обратную сторону.
