Сенку Ишигами, гениальный ученый с математическим складом ума, пробуждается в каменном веке спустя тысячелетия после того, как загадочное свечение обратило все человечество в статуи. Вместе с верным другом Тайджу и бывшим бойцом Кохэем он строит новое Царство Науки, проходя путь от изобретения мыла до запуска ракеты. Но когда их космический корабль «Персеверанс» достигает Международной космической станции, Сенку понимает: они не одни. На орбите, в разгерметизированных модулях, выжили астронавты, которые сохранили знания о настоящей причине петрификации. Среди них — загадочный доктор Зенс, чей циничный взгляд на человечество ставит под сомнение саму идею возрождения. Сенку предстоит не просто восстановить технологии, а вступить в интеллектуальную дуэль с тем, кто считает науку оружием, а не инструментом спасения.
Вернувшись на Землю с орбиты, команда сталкивается с новой угрозой: на другом континенте пробудилась Империя, возглавляемая таинственным правителем, который использует древние секреты и грубую силу, чтобы подчинить выживших. Сенку приходится балансировать между дипломатией и войной, создавая невероятные изобретения — от подводных лодок до химического оружия, — чтобы защитить свое поселение. Но главный враг кроется не вовне: внутри Царства Науки зреет раскол, когда некоторые начинают сомневаться, что возвращение к сложным технологиям стоит жертв. Сенку вынужден доказывать, что прогресс — это не просто лампочки и двигатели, а единственный шанс человечества не повторить ошибки прошлого. Финал сезона ставит героев перед невозможным выбором: пожертвовать личными связями ради спасения всех или найти третий путь, который изменит саму природу их мира.