Второй сезон застает Кирито Аоки врасплох. Казалось бы, его жизнь с тремя девушками — Юки, Мию и Риной — вошла в спокойное русло, но идиллия рушится, когда на пороге его квартиры появляется загадочная незнакомка по имени Сакура. Она утверждает, что является его троюродной сестрой, о существовании которой он никогда не знал, и что ее преследуют опасные люди. Сакура просит убежища, и Кирито, движимый чувством долга и необъяснимой симпатией, соглашается приютить ее. Однако каждая из девушек реагирует на новую соседку по-своему: Юки, всегда спокойная и рассудительная, начинает проявлять подозрительность и ревность, Мию, импульсивная и прямолинейная, открыто враждует с Сакурой, а Рина, добрая и застенчивая, пытается найти с ней общий язык, но чувствует, что та что-то скрывает. Вскоре выясняется, что прошлое Сакуры окутано тайной, связанной с исчезновением отца Кирито, которого он считал погибшим много лет назад. Параллельно с этим в городе начинают происходить странные события: кто-то взламывает школьные серверы, похищает личные вещи учеников, а однажды ночью нападают на саму Юки. Кирито понимает, что все это не случайно, и что Сакура может быть ключом к разгадке, но доверять ей полностью он не решается, ведь ее появление совпало с началом череды неприятностей.
Напряжение нарастает, когда Кирито случайно находит в вещах Сакуры старую фотографию, на которой запечатлены его отец и неизвестная женщина с ребенком. Сакура вынуждена признаться: она действительно его двоюродная сестра, но ее настоящая цель — найти артефакт, который, по слухам, спрятал его отец перед своей смертью. Этот артефакт, по ее словам, способен изменить мир, и за ним охотятся не только бандиты, но и могущественная корпорация. Девушки объединяются, чтобы помочь Кирито и Сакуре, но их союз оказывается хрупким: Мию подозревает, что Сакура манипулирует чувствами Кирито, Юки находит доказательства, что Сакура лгала о своем прошлом, а Рина случайно узнает, что Сакура была влюблена в отца Кирито. В финале сезона герои проникают в заброшенную лабораторию, где, по данным Сакуры, спрятан артефакт. Там они сталкиваются с ловушками и наемниками, но самое страшное открытие ждет их в конце: артефакт оказывается не физическим объектом, а зашифрованным посланием от отца Кирито, в котором он раскрывает правду о своей смерти и предупреждает сына о том, что настоящая угроза — это не корпорация, а кто-то из их близкого окружения. Сезон заканчивается на cliffhanger: Сакура исчезает, оставив лишь записку с одной фразой «Они знают, где ты», а в последней сцене камера показывает, как за Кирито и девушками следит неизвестный человек, который держит в руках ту самую фотографию, но уже с новой, пугающей пометкой на обороте.
