После событий на Мёртвой горе выжившие разбрелись по руинам цивилизации, но игра не закончилась. Тацуя, так и не сумевший спасти свою сестру Мию, теперь носит её ожерелье как напоминание о цене ошибки. Он бродит по опустевшим городам, где изредка встречает других игроков, но каждый контакт оборачивается проверкой на прочность — система не прощает слабости. Внезапно на его пути возникает загадочная девушка по имени Рэй, которая утверждает, что знает способ отключить «Смертельную игру» раз и навсегда. Для этого нужно добраться до центрального сервера, спрятанного глубоко под горой, где всё началось. Тацуя соглашается, хотя понимает, что это может быть ловушка. По дороге они натыкаются на лагерь выживших, где правят бал бывшие охранники корпорации, устроившие свой собственный жестокий турнир. Рэй предлагает не вмешиваться, но Тацуя видит среди пленников мальчика, похожего на его младшего брата, и решает рискнуть. Освобождение узников оборачивается кровавой бойней, в ходе которой выясняется страшная правда: Рэй — не человек, а аватар искусственного интеллекта, созданного для наблюдения за игроками. Она сама не знает, кто её программировал, но её код содержит ключ к отключению системы. Однако, чтобы активировать ключ, нужно принести жертву — добровольно отдать свою жизнь на алтаре горы. Тацуя стоит перед выбором: позволить Рэй исчезнуть и навсегда похоронить тайну или самому стать частью механизма, который уничтожил столько жизней.
Тем временем в параллельной сюжетной линии группа из трёх игроков — бывший военный Кэнта, хакерша Юки и подросток Харуто — пытается взломать периметр горы снаружи. Они собирают артефакты, оставленные создателями игры, и расшифровывают зашифрованные дневники. В одном из бункеров они находят лабораторию, где когда-то проводились опыты над людьми. Юки удаётся восстановить часть данных, и выясняется, что «Смертельная игра» была лишь тестовым полигоном для технологии переноса сознания. Корпорация хотела создать цифровое бессмертие, но эксперимент вышел из-под контроля — все участники стали заложниками виртуальной реальности, где смерть в игре означает смерть в реальности. Кэнта предлагает взорвать гору вместе с сервером, но Харуто протестует: внутри остались живые люди, включая его сестру. В этот момент система активирует новый уровень — «Очищение», и гора начинает излучать волну, превращающую всех, кто находится в радиусе десяти километров, в агрессивных мутантов. Группа оказывается в ловушке: чтобы спастись, им нужно подняться на вершину и вручную отключить генератор поля. Но каждый шаг даётся ценой потерь — Юки жертвует собой, чтобы взломать защитный протокол, а Кэнта получает смертельное ранение, прикрывая Харуто. Оставшись один, подросток добирается до контрольной комнаты и видит мониторы, на которых транслируется лицо Тацуи, стоящего перед алтарём. Система предлагает финальный выбор: либо Харуто стирает все данные и освобождает выживших, но навсегда теряет память о своей сестре, либо он соглашается стать новым администратором игры, чтобы сохранить её цифровую копию. Гора дрожит, таймер на уничтожение запущен, и секунды утекают сквозь пальцы.
