Спустя годы после легендарного путешествия к Искафу, Земля наконец обрела мир, а технологические дары Ямато стали основой новой эры процветания. Однако в 3199 году эта хрупкая идиллия рушится. Из глубин космоса к Солнечной системе приближается загадочная и враждебная планета-странник Гаттис, несущая полное уничтожение. Её передовые силы сметают орбитальную оборону, а сама планета начинает необъяснимый процесс «поглощения», угрожая стереть человечество из реальности. В этот отчаянный час последней надеждой становится недавно построенный, усовершенствованный космический линкор «Ямато». Но его экипаж сталкивается с шокирующей правдой: ядром новой угрозы является их бывший капитан и герой, Сюсукэ Кодо, который, как считалось, погиб в битве за планету Гамилас. Теперь он возглавляет Гаттис под именем Абадон, движимый тёмной и непонятной целью, бросая вызов не только человечеству, но и самим законам времени и пространства.
Новому экипажу во главе с Такером Киёном предстоит не просто сражаться за выживание, а разгадать тайну преображения Кодо и истинную природу Гаттис. Путь «Ямато» лежит сквозь пространственно-временные аномалии и поля сражений, где прошлое и будущее причудливо переплетаются. Каждая встреча с Абадоном ставит под сомнение саму суть их миссии, раскрывая фрагменты грандиозного космического заговора, уходящего корнями в древнюю войну цивилизаций. Старые союзники и новые враги, личные драмы и цена спасения — всё это сплетается в эпическом противостоянии. Экипажу придётся задаться вопросом, что они защищают на самом деле: физическое существование человечества или право на будущее, свободное от циклов бесконечной войны. Судьба всего сущего решается в этой последней битве, где мятежник 3199 бросает вызов самим звёздам.
